Сюжет этого комикса начинается с того, что по вселенной катится волна тотальных уничтожений всего и всех подряд, ну или по-другому: аннигиляции. Занимается сим, судя по всему, бессмысленным в его беспощадности делом воинствующая орда, состоящая из вояк очень напоминающих своим видом насекомых. Очередным стёртым ими в прах объектом стал небезызвестный Ксандр – планета, неоднократно упоминаемая в различных сочинениях военно-фантастического характера. Несмотря на то, что речь идёт о важном для компании Марвел творении, преподносимом, как чуть ли не знаковое, единого, армейского столпотворения героев из разряда супер в нём ожидать не стоит. Ибо оно больше относится к серии: один в поле воин, причём, ещё какой! Это не считая того, что его ключевых, по факту решающих судьбы мира персонажей, как уже понятно, одиночек, не всегда получается назвать положительными, есть среди них и те, кого можно смело отнести к злодеям, причём, вплоть до того, что классическим.

Орда идёт и навстречу ей выходит супергеройский народ.

Кроме того, во второй части Аннигиляции присутствует момент вынуждения, принуждения к участию в противостояниях с полчищами Аннигилуса, являющегося предводителем пожирающей вселенную гуманоидной саранчи. Стремясь завладеть всё большей мощью, вожак людей-насекомых натравляет их на всех, кто обладает хоть какими-то артефактами, способными быть источниками силы. Одним из них оказывается Норрин по фамилии Радд, за которым в погоню пускается толпа злодеев, ведомая неким Ненасытным, возглавляющим отряд ищеек-убийц. Стоит отметить, что в этом произведении, хоть речь и не идёт о формировании армии супер героев, однако, самих их тут хоть отбавляй, особенно с учётом того, что часть из них - супер злодеи. Читателю предстоит познакомиться с друзьями уже известных персонажей, например, таких как Сёрфер, называемый Серебряным. Упомянут в комиксе и всемогущий Танос, который и в этот раз ведёт свою игру, вступая в переговоры с предводителем инсектоидов.

Для придания острастки сюжетной линии, придуман также момент личностной, внутренней борьбы, которая охватывает, например, того же Сёрфера. Его захлестывают переживания по поводу того, что в недалёком прошлом он работал на воплощение зла, называемое Пожирателем миров, выполняя для него чёрную, аннигилирующую целые цивилизации работу. Он рвётся исправить свои ошибки, для чего решает вступить в противоборство с новой вселенской массовой угрозой. Загадочен личностный профиль и известного многим Галактуса, который воплощает в себе огромную силу, обычно используемую в деле разрушений. Теперь он вовсе не выглядит олицетворением бессмысленной ненависти, вместо этого, являя собой существо, старающееся следовать закону, его пониманию, при этом, способное переломить ход разворачивающихся событий, при условии, если станет на ту или иную воющую сторону. Возвращаясь к теме супер армий, следует сказать, что во второй части Аннигиляции, как минимум, одна всё-таки найдётся, вот только состоять она будет из антигероев-неудачников, таких, как Суперскрулл, решивших бросить вызов инсектоидам и их намерениям.